Pannekoek won in 2006 het Amsterdams Kleinkunst Festival Comedy Concours. Sinds 2007 is hij een van de vaste comedians van de Comedytrain. In 2010 stond Pannekoek met een speciale voorstelling voor Theater Bellevue op de planken met De laatste Pannekoek. In 2013 trad hij op in het voorprogramma van Theo Maassen bij de try-outs van diens oudejaarsconference. Bij het grote publiek werd Pannekoek bekend met zijn wekelijkse rubriek bij De Wereld Draait Door. Ook nam Pannekoek jaarlijks 'de vijf buitenlandse comics to watch' door aan tafel bij Matthijs van Nieuwkerk.

In het seizoen 2015–2016 maakte Pannekoek zijn theaterdebuut met de avondvullende voorstelling Zacht van binnen. In 2016 was Pannekoek voor het eerst te zien bij Comedy Central Roast met de Roast van Gordon en vanaf december 2017 is Pannekoek vaste teamcaptain bij Dit Was Het Nieuws.

Zijn tweede voorstelling Later was alles beter ging in september 2018 in première. De voorstelling kreeg een vervolg in het seizoen 2019–2020 en werd in 2019 bekroond voor cabaretprijs de Neerlands Hoop. Op 31 december 2021 verzorgde hij de oudejaarsconference bij BNNVARA op NPO1.

Op 24 november 2022 ging Pannekoek in première met zijn voorstelling DNA. De voorstelling was maanden van tevoren uitverkocht en ontving lovende recensies. Het NRC schreef Pannekoek is een van de besten, zo bewijst hij met DNA.